A partir de 2007, avec la signature le 15 juin 2007 d’un nouveau Règlement d’Organisation, la double tutelle par le Gouvernement suisse (à travers le Leading House, l’Institut Tropical Suisse) et le Gouvernement ivoirien (à travers la Direction Générale de la Recherche) a été formellement inscrite dans les documents organiques. Ces nouveaux textes organiques créaient un organe d’orientation appelé le Conseil des Fondateurs, et un Conseil d’Administration composé de représentants de la Suisse, de la Côte d’Ivoire et de la région ouest africaine. Le nouveau règlement d’organisation confirmait l’existence du Conseil Scientifique, et instaurait une Direction générale et un Comité de direction. Un nouvel organigramme a été élaboré selon les nouvelles dispositions et les postes ont été pourvus en janvier 2008.

Le 15 juin 2007, le CSRS signait, avec le Fonds Ivoiro-Suisse pour le Développement Economique et Social (FISDES) d’une part et avec le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche Scientifique (MESRS) d’autre part, des documents relatifs au lancement du Programme d’Appui Stratégique à la Recherche Scientifique (PASRES) en Côte d’Ivoire, qui confirmaient le CSRS comme Agence d’Exécution dudit programme, pour lequel il a joué un rôle majeur déjà comme co-porteur de projet avec le MESRS.

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